Με την είσοδο της Θάσου στην Β' Αθηναϊκή Συμμαχία μετά το 377 π.X., οι Θάσιοι χρησιμοποίησαν την υποστήριξη της Αθήνας, για να επεκτείνουν την επιρροή τους στην ηπειρωτική χώρα.

Το 357 π.Χ. ή το 340 π.Χ., ο Φίλιππος της Μακεδονίας επεκτείνεται στην περιοχή. Οι Θάσιοι θα διατηρήσουν υπό τη βασιλεία των Μακεδόνων μια κάποια αυτονομία. Από πολεοδομική άποψη, η επάνοδος της ευημερίας τον 4ο και 3ο π.Χ. αιώνα γίνεται φανερή με την επαναδιευθέτηση και τον επαναπροσανατολισμό της αγοράς, που κατέχει την πεδινή έκταση ανάμεσα στο λιμάνι και τις πρώτες πλαγιές του λόφου, πλαισιωμένη από τη μεγάλη αρτηρία, που οδηγεί από το Αρτεμίσιο στο Ηράκλειο. Τα ιερά επισκευάστηκαν και αναδιευθετήθηκαν (στο Αρτεμίσιο, στο ιερό του Εβραιοκάστρου, στο Ηράκλειο), ενώ εμφανίστηκαν άλλα καινούργια (το Ποσειδώνιο, το Διονύσιο) και στο τείχος κατασκευάστηκαν νέες πύλες και άλλες επιδιορθώθηκαν.

Κατά τη διάρκεια του 4ου π.Χ. αιώνα, ευθυγραμμίστηκε το διατείχισμα, το οποίο χώριζε το λιμάνι από την πόλη, ενώ το τείχος ενισχύθηκε με πύργους στα μέσα του 3ου π.Χ αιώνα. Θεαματική είναι η ανάπτυξη των συνοικιών της πόλης, στη διάρκεια της περιόδου αυτής. Πράγματι τον 4ο π.Χ. αιώνα και στο πρώτο μισό του 3ου, παρατηρείται η μεγαλύτερη ανάπτυξη της οικοδομημένης επιφάνειας, με χώρους άνετους και καλά οργανωμένους.