Όταν η Κωνσταντινούπολη κυριεύτηκε από τους Φράγκους, η Θάσος δόθηκε στον Ερρίκο Δάνδολο, δόγη της Βενετίας (1204). Από δω και πέρα, μια σειρά κατακτητών εποφθαλμιούν το πανέμορφο νησί.
Στα 1306, ο αυτοκράτορας του Βυζαντίου, Μιχαήλ Παλαιολόγος, παραχώρησε τη Θάσο στον τυχοδιώκτη γενοβέζο Φραντσίσκο Γκατελούζο. Τα χρόνια αυτά η Θάσος γνώρισε μεγάλη ανάπτυξη και κυρίως στον τομέα του εμπορίου. Η οικογένεια των Γκατελούζο παρέμεινε στο νησί μέχρι το 1455 μ.Χ., που η Θάσος έπεσε στα χέρια των Τούρκων. Τον επόμενο αιώνα όλες τις εξελίξεις διέκρινε μια σχετική ηρεμία. Στο τέλος του 17ου αιώνα, η πειρατεία επιστρέφει, αυτή τη φορά όμως πιο έντονα. Σικελοί, Βενετοί, Γενοβέζοι, Σλάβοι, Καταλανοί, Ισπανοί αλλά ακόμη και Έλληνες πειρατές εισβάλλουν σε πόλεις και χωριά καταστρέφοντας και λεηλατώντας κόπους ετών.