Η κατάληψη της Θάσου από τους Τούρκους έγινε το 1455, δύο χρόνια μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, όταν ο Μωάμεθ ο Β' οργάνωσε εκστρατεία κατά της χερσονήσου του Αίνου, και συγχρόνως έστειλε δέκα πλοία στη Θάσο, την Σαμοθράκη και την Ίμβρο.
Το γεγονός αυτό, οδήγησε τον Πάπα Κάλλιστο τον Γ’ σε έκκληση για την οργάνωση μιας σταυροφορίας, που στόχο είχε να πάρει πίσω τα νησιά, που είχαν περιέλθει στα χέρια του Σουλτάνου. Έτσι λοιπόν τα καράβια της σταυροφορίας έφτασαν στη Θάσο και το 1457 οι Βενετοί κατάφεραν έπειτα από στενή πολιορκία να καταλάβουν το νησί. Ο στόλος των δυτικών όμως δεν ήταν αρκετός ώστε να κρατήσει μακριά τον Σουλτάνο, που ανακατέλαβε τη Θάσο αλλά και τη Σαμοθράκη τον Οκτώβριο του 1459, έχοντας ως επικεφαλής των δυνάμεων τον καπετάν πασά Ζαγκάν. Το γεγονός αυτό ήταν καταστροφικό για τη Θάσο γιατί συγχρόνως, με διαταγή του Μωάμεθ του Β', εκτοπίστηκαν οι περισσότεροι από τους κατοίκους στην Κωνσταντινούπολη και το νησί έμεινε εντελώς έρημο.
Το 1460, η Θάσος παραχωρήθηκε στον Δημήτρη Παλαιολόγο, ως 'ανταποδοτικό τέλος' κάποιας προδοσίας του, αλλά στο τέλος του καλοκαιριού του 1466 το νησί γλίτωσε γιατί ο βενετός ναύαρχος Καπέλο το κατέλαβε μαζί με τη Σαμοθράκη και την Ίμβρο. Παρ’ όλ' αυτά όμως, η Θάσος έμελλε να ζήσει μεγαλύτερα δεινά, όταν στα τέλη του 17ου και στις αρχές του 18ου αιώνα, η πειρατεία στο Αιγαίο ξαναφούντωσε. Οι κάτοικοι για να προστατευθούν, αφήνουν τα παράλια και μεταφέρουν τα χωριά στα ορεινά, σε περιοχές προστατευμένες φυσικά. Στην ακτή έμειναν μόνο τα «βιγλαριά», οι αρχαίες δηλαδή φρυκτωρίες, για να φυλάνε και να στέλνουν σήμα κινδύνου. Αξίζει να σημειώσουμε πως οι πειρατές ήταν καθαρόαιμοι Ευρωπαίοι, ακόμη και Έλληνες (!), που η σκληρότητα τους ήταν μεγαλύτερη και από αυτή των Σαρακηνών. θεωρούσαν πως το επάγγελμα τους ήταν έντιμο και αξιοπρεπές γι' αυτό το δίδασκαν και στα παιδιά τους. Είχαν σχέσεις και αλληλογραφία με υψηλά πρόσωπα και βασιλιάδες, τους οποίους βοηθούσαν μάλιστα πολλές φορές στην οργάνωση των διακοπών τους με το αζημίωτο φυσικά και από τις δύο πλευρές.
Την ίδια εποχή, μια ακόμη δυστυχία έρχεται να χτυπήσει τους ήδη ταλαιπωρημένους κατοίκους του νησιού. Το 1760, η Θάσος παραχωρείται με ενοίκιο και υποχρεώνεται να πληρώνει κεφαλικό φόρο και διάφορους άλλους φόρους με μεσολαβητή έναν έλληνα κοτσαμπάση που καταπίεζε και τυραννούσε τους συμπατριώτες του. Το 1770, η ελληνική εξέγερση βρήκε τους Θάσιους έτοιμους να στασιάσουν. Αιτία ήταν η νίκη του ρώσικου στόλου κατά του Καπουδάν πασά στο Τσεσμέ, η οποία οδήγησε μια θασιακή επιτροπή σε συνάντηση με τους υπόλοιπους νησιώτες, για να συγχαρούν όλοι μαζί τους νικητές. Το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς, μια μοίρα του ρώσικου στόλου κατέπλευσε στη Θάσο για να προστατευθεί η ξυλεία από τα δάση του νησιού για τον εφοδιασμό των πλοίων. Κατά τα Όρλωφικά (1770) οι Ρώσοι για να εξασφαλίσουν την ξυλεία για τον στόλο τους «...από Θάσου έκοψαν 17.000 ξύλα (δέντρα)...».
Έπειτα από τέσσερα χρόνια, η τραγική αποτυχία των Ορλωφικών επιφέρει την αποχώρηση των Ρώσων και η Θάσος ξαναπέφτει στην τουρκική κυριαρχία. Τότε πλέον, ο Σουλτάνος γίνεται ακόμη πιο καταπιεστικός και σκληρός με τους Θάσιους. Έπειτα από όλα αυτά, στα τέλη του 18ου αιώνα, στο νησί έμειναν μόνο 2.500 κάτοικοι, που ζούσαν με το άγχος των πειρατών.
